高等智慧的鱼族在海洋深处建立了强大文明——海皇帝国。科技水准远远凌驾于后世的人类。海皇帝国开始延伸向陆地，但鱼族无法适应陆地环境。于是，海皇帝国正在开发一台机器—陆沉机。计划让全球陆地沉底！ 6500万年前，大流星群中的一颗行星撞击地球。海皇帝国遭到毁灭。 海皇帝国鱼族被迫乘飞船逃离地球。移民到外星球居住。但在飞离地球时，其中一艘飞船发生故障坠落回地面，而研究中的陆沉机也在这艘船上！这艘坠毁的飞船，便是后来的龙马基地……
    千万年过去……如今，当成为了地球新主宰的人类还耽于安乐时，一场巨大的危机正悄悄接近……遥远外星海皇帝国的海冥王很怀念他們的祖先星球——蓝地球。当他知道自私的人类不爱惜这母亲地球，不断的耗费资源，更污染大地与海洋, 使无数海洋物种灭绝时，便决定回到地球。赶走那些不爱惜海洋的陆地上的人类。
    海冥王计划收集能量，重启陆机，使地球全部变成汪洋, 并把子民移回地球！关键时刻，继承史前文明的巨神战击队 挺身而出！为了保护人类，殊死对抗海皇魔军！一场激动人心的人魔大战即将开始!巨神战击队怎样化解这次毁灭大灾难呢？